Mise à jour le Avril 28 2024 03:37 AM
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fMRIPrep: A Robust Preprocessing Pipeline for fMRI Data — fmriprep version documentation
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liens In-page
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Anchor | Type de | jus |
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fmriprep | interne | jus Passer |
Installation | interne | jus Passer |
Usage Notes | interne | jus Passer |
Processing pipeline details | interne | jus Passer |
Defining standard and nonstandard spaces where data will be resampled | interne | jus Passer |
FAQ - Frequently Asked Questions | interne | jus Passer |
Developers - API | interne | jus Passer |
What’s new | interne | jus Passer |
Edit on GitHub | externe | jus Passer |
| interne | jus Passer |
www.nipreps.org | externe | jus Passer |
| interne | jus Passer |
workflows section of our documentation | externe | jus Passer |
FSL | externe | jus Passer |
ANTs | externe | jus Passer |
FreeSurfer | externe | jus Passer |
AFNI | externe | jus Passer |
https://fmriprep.readthedocs.io/ | externe | jus Passer |
| interne | jus Passer |
| interne | jus Passer |
NiPreps documentation | externe | jus Passer |
CC0 license | externe | jus Passer |
Esteban et al. (2019) | externe | jus Passer |
preprint | externe | jus Passer |
Esteban et al. (2020) | externe | jus Passer |
preprint | externe | jus Passer |
OHBM 2018 software demonstration | externe | jus Passer |
Abstract | externe | jus Passer |
externe | jus Passer | |
Abstract | externe | jus Passer |
externe | jus Passer | |
| interne | jus Passer |
general licensing guidelines | externe | jus Passer |
| interne | jus Passer |
http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0 | externe | jus Passer |
| interne | jus Passer |
| interne | jus Passer |
Containerized execution (Docker and Singularity) | interne | jus Passer |
Manually Prepared Environment (Python 3.10+) | interne | jus Passer |
External Dependencies | interne | jus Passer |
Not running on a local machine? - Data transfer | interne | jus Passer |
Execution and the BIDS format | interne | jus Passer |
Command-Line Arguments | interne | jus Passer |
Positional Arguments | interne | jus Passer |
Options for filtering BIDS queries | interne | jus Passer |
Options to handle performance | interne | jus Passer |
Options for performing only a subset of the workflow | interne | jus Passer |
Workflow configuration | interne | jus Passer |
Options for modulating outputs | interne | jus Passer |
[DEPRECATED] Options for running ICA_AROMA | interne | jus Passer |
Options relating to confounds | interne | jus Passer |
Specific options for ANTs registrations | interne | jus Passer |
Specific options for handling fieldmaps | interne | jus Passer |
Specific options for SyN distortion correction | interne | jus Passer |
Specific options for FreeSurfer preprocessing | interne | jus Passer |
Options for carbon usage tracking | interne | jus Passer |
Other options | interne | jus Passer |
The command-line interface of the docker wrapper | interne | jus Passer |
Named Arguments | interne | jus Passer |
Wrapper options | interne | jus Passer |
Developer options | interne | jus Passer |
The FreeSurfer license | interne | jus Passer |
Reusing precomputed derivatives | interne | jus Passer |
BIDS Derivatives reuse | interne | jus Passer |
Troubleshooting | interne | jus Passer |
License information | interne | jus Passer |
Preprocessing of structural MRI | interne | jus Passer |
Brain extraction, brain tissue segmentation and spatial normalization | interne | jus Passer |
Cost function masking during spatial normalization | interne | jus Passer |
Longitudinal processing | interne | jus Passer |
Surface preprocessing | interne | jus Passer |
Refinement of the brain mask | interne | jus Passer |
BOLD preprocessing | interne | jus Passer |
BOLD reference image estimation | interne | jus Passer |
Head-motion estimation | interne | jus Passer |
Slice time correction | interne | jus Passer |
Susceptibility Distortion Correction (SDC) | interne | jus Passer |
Pre-processed BOLD in native space | interne | jus Passer |
EPI to T1w registration | interne | jus Passer |
Resampling BOLD runs onto standard spaces | interne | jus Passer |
EPI sampled to FreeSurfer surfaces | interne | jus Passer |
HCP Grayordinates | interne | jus Passer |
Confounds estimation | interne | jus Passer |
T2*-driven echo combination | interne | jus Passer |
References | interne | jus Passer |
Layout | interne | jus Passer |
Processing level | interne | jus Passer |
Visual Reports | interne | jus Passer |
Anatomical derivatives | interne | jus Passer |
FreeSurfer derivatives | interne | jus Passer |
Functional derivatives | interne | jus Passer |
Confounds | interne | jus Passer |
Confound regressors description | interne | jus Passer |
Confounds and “carpet”-plot on the visual reports | interne | jus Passer |
Legacy layout | interne | jus Passer |
Standard spaces | interne | jus Passer |
Custom standard spaces | interne | jus Passer |
Nonstandard spaces | interne | jus Passer |
Preprocessing blocks depending on standard templates | interne | jus Passer |
What if I find some images have undergone some pre-processing already (e.g., my T1w image is already skull-stripped)? | interne | jus Passer |
Running subjects in parallel | interne | jus Passer |
Setting up your development environment | interne | jus Passer |
Internal configuration system | interne | jus Passer |
Configuration sections | interne | jus Passer |
Usage | interne | jus Passer |
Logging | interne | jus Passer |
Other responsibilities | interne | jus Passer |
Workflows | interne | jus Passer |
fMRIPrep base processing workflows | interne | jus Passer |
Pre-processing fMRI - BOLD signal workflows | interne | jus Passer |
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Mots - clés Nuage
march september preprocessing july data options license fmriprep june january
Mots - clés cohérence
clés | Content | Titre du site Web | Mots - clés En- | Description du site Web Mots- | têtes |
---|---|---|---|---|---|
fmriprep | 33 | ||||
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domaine : fmriprep.org
Longueur : 12
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